蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化

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利用MRM技术与同位素稀释相结合，通过对比已知浓度的标记标准品与待测样子目标离峰面积信息，从而推算分析物含量。具有灵敏度高、重现性好、准确度高和通量高等技术优势。

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蛋白质组学是当前生命科学研究的前沿领域。对蛋白质快速、准确的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的关键性的一步。采用MALDI-TOF-MS测得肽质量指纹谱（PMF）在数据库中查询识别的方式鉴定蛋白质，是目前蛋白质组学研究中最普遍应用的最主要的鉴定方法。

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1）普通线性肽，链长至189个氨基酸，毫克至克级，纯度可达99%2）简单修饰肽：免费提供N端乙酰化，末端酰胺化3）复杂修饰肽：脂肽，磷酸肽（Ser、Thr、Tyr），环肽（酰胺环、二硫键环），荧光标记肽（FAM、FITC），生物素标记肽（BIOTIN）、复合抗原肽（MAP）等 4）蛋白偶

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对样本进行酶解，TiO2或IMAC富集磷酸化肽段，5600-plus质谱检测，利用得到的质谱谱图与数据库搜索比较，从而得到肽段序列结果，计算出磷酸化位点。磷酸化蛋白选择iTRAQ定量或SWATH定量

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